Ce que ce « caca fossilisé » révèle de nos intestins

Chère lectrice, cher lecteur,

Nous sommes au premier siècle après Jésus Christ, au nord du Mexique.

Un groupe de chasseurs-cueilleurs chichimèques est occupé à récolter des figues de Barbarie[1].

Pris d’une envie soudaine, un des autochtones s’éloigne du groupe à la recherche d’un endroit tranquille pour satisfaire ses besoins.

En guise de « petit coin », il trouve une grotte abandonnée.

L’homme s’agenouille pour déféquer… sans se douter que 2 000 ans plus tard, ses selles seraient retrouvées et analysées par des scientifiques.

L’histoire vous fera peut-être sourire, mais elle est très sérieuse.

Ces chercheurs viennent tout juste de publier leurs travaux dans la prestigieuse revue scientifique Nature[2].

Le but était de mieux comprendre l’évolution de notre microbiote intestinal au fil des siècles.. et leur découverte est fascinante !

Je vous ai souvent parlé de ces bonnes bactéries qui tapissent les parois de notre système digestif, et vous verrez que cette étude permet de faire un pas supplémentaire dans notre compréhension du sujet.

Ils mettent le nez dans le caca pour faire avancer la science

Cela peut sembler bizarre de s’intéresser aux selles de nos ancêtres. Et pourtant, les selles fossilisées sont une mine d’information extrêmement précieuse pour les archéologues.

Étudier les excréments d’une population permet d’en savoir plus sur son mode de vie, ses habitudes alimentaires ou encore sur son état de santé[3].

Pour la petite histoire, ce n’est d’ailleurs que l’an dernier que des chercheurs ont trouvé une méthode sûre pour différencier à coup sûr un étron humain de celui d’un animal grâce à l’analyse ADN de l’hôte et des colonies microbiennes[4].

Ils ont d’ailleurs pu prouver que de nombreux échantillons stockés jusque-là par les archéologues étaient en réalité… des crottes de chien[5].

Mais revenons à nos moutons…

Voici à quoi ressemble le microbiote de nos ancêtres

L’équipe, composée d’une trentaine de chercheurs américains et européens, a étudié le microbiote de huit étrons fossilisés, que les archéologues appellent coprolithes (ou paléofèces).

Ces coprolithes, datant d’il y a 1 000 à 2 000 ans, ont été retrouvés dans des grottes du Mexique et dans le sud des États-Unis.

Un premier travail a permis de reconstituer le microbiote intestinal de nos ancêtres en analysant les traces d’ADN de virus, bactéries, champignons et parasites présents dans les selles.

Ensuite, les scientifiques ont comparé ce microbiote à 789 échantillons de selles humaines de notre époque, provenant pour certaines de populations industrialisées et pour d’autres, de peuples de chasseurs-cueilleurs vivant actuellement en Tanzanie, à Madagascar, au Pérou ou encore dans les îles Fidji.

Et les différences sont flagrantes.

40 % du microbiote de nos ancêtres aurait-il disparu ?

Le microbiote de nos ancêtres était très proche de celui des chasseurs-cueilleurs d’aujourd’hui… mais très différent du nôtre.

Environ 40 % des espèces microbiennes découvertes dans les fossiles étaient d’ailleurs totalement inconnues jusqu’à aujourd’hui.

C’est le cas par exemple de la bactérie Treponema succinifaciens, présente dans les 8 échantillons étudiés, mais dans aucun des microbiotes occidentaux modernes.

Non seulement la flore intestinale de nos ancêtres était plus diversifiée que la nôtre, mais elle était également beaucoup plus dense. Les colonies de microbes qui vivaient dans l’intestin des hommes il y a 2 000 ans étaient plus grandes que celles qui tapissent notre système digestif aujourd’hui.

Comment expliquer une telle différence ?

Pour les chercheurs, cette différence est principalement liée au mode de vie de nos chercheurs :

  • Il y a 1 000 ou 2 000 ans, notre alimentation était beaucoup plus variée qu’aujourd’hui. Cela permettait ainsi de faire vivre une population de microbes plus éclectique, avec des besoins nutritionnels différents. Mais selon Aleksandar Kostic, l’un des auteurs de l’étude, « à mesure que vous vous dirigez vers l’industrialisation, vous perdez beaucoup de nutriments qui aident à soutenir un microbiome plus diversifié ».
  • Cette diversité et ce nombre important de bactéries seraient aussi en lien avec l’environnement très changeant de nos ancêtres nomades : « Nous pensons que cela pourrait être une stratégie pour que les microbes s’adaptent dans un environnement qui change beaucoup plus que le microbiome industrialisé moderne, où nous mangeons les mêmes choses et vivons la même vie plus ou moins toute l’année. »

Pourquoi il est primordial de bichonner vos bonnes bactéries

Les chercheurs ont aussi constaté que les paléofèces contenaient moins de gènes responsables de la dégradation de la couche de mucus intestinal. Or cette dégradation peut provoquer une inflammation en lien avec différentes maladies.

Cela suggère que la flore intestinale de nos ancêtres les rendait moins vulnérables à l’inflammation chronique ou aux maladies qui y sont liées (rectocolite, maladie de Crohn…).

Le lien entre le microbiote et notre santé n’est d’ailleurs pas nouveau.

Nous savons par exemple que celui-ci peut avoir un impact direct sur votre prise de poids et votre métabolisme.

Des chercheurs de l’université Emory l’ont prouvé en échangeant simplement la flore intestinale de souris obèses avec celle de souris saines[6]. Les souris obèses colonisées par la flore bactérienne de souris saines avaient alors 42 % de graisse en moins que leurs congénères, alors qu’elles mangeaient davantage qu’elles.

D’autres études menées par Aleksandar Kostic et ses collègues ont aussi montré que les enfants vivant dans des régions industrialisées avaient plus de risques de développer un diabète, des maladies auto-immunes ou encore des allergies, et une moins bonne immunité en général[7].

N’oubliez pas de nourrir vos bébêtes

Les microbes qui vivent dans vos intestins font partie intégrante de qui vous êtes. Ils interagissent en permanence avec vos cellules et influenceraient même vos émotions et votre façon de penser.

Il est donc primordial d’en prendre soin.

C’est un peu comme un animal de compagnie : vos bactéries ont besoin de nourriture diversifiée et appropriée.

C’est ce qu’on appelle les prébiotiques.

Ces substances végétales, qui favorisent la croissance des bonnes bactéries intestinales se retrouvent dans de nombreux végétaux, notamment : ail, oignon, pissenlit, poireau, salsifis, topinambours, chicorée, racine de bardane, artichaut, racine de dahlias…

À l’inverse, votre microbiote serait extrêmement sensible à certaines molécules toxiques.

Ainsi, les perturbateurs endocriniens et les pesticides seraient susceptibles d’affecter leur état de santé. Même si les études sont rares, des essais cliniques suggèrent que certains perturbateurs de l’équilibre hormonal, comme le bisphénol A, auraient des effets inflammatoires et modifieraient la perméabilité intestinale[8]. Même si celui-ci est aujourd’hui interdit en France, il vaut mieux privilégier les produits bio et en vrac.

Vous pouvez apporter directement des bonnes bactéries à votre intestin (probiotiques) en consommant des boissons et aliments fermentés : choucroute, tempeh, kéfir, miso, kimchi…

Il existe aussi des compléments à base de probiotiques ou même de symbiotiques (probiotiques accompagnés de prébiotiques). Mais sauf dans certains cas précis, je ne recommande pas forcément de prendre des compléments probiotiques.

Je vous expliquerai mon point de vue dans une prochaine lettre.

Amicalement,

Florent Cavaler





[1] Oubet-Rodriguez, François. Les Chichimèques. Nouvelle édition, Mexico, Centro de estudios mexicanos y centroamericanos, 1985

[2] Wibowo, M.C., Yang, Z., Borry, M. et al, Reconstruction of ancient microbial genomes from the human gut, Nature (2021).

[3] Andy Rakotondrabe, Archéologie : des chercheurs ont trouvé comment différencier les paléofèces (excréments) humains et canins, Neozone, avril 2020.

[4] Maxime Borry​, Bryan Cordova and al, CoproID predicts the source of coprolites and paleofeces using microbiome composition and host DNA content, PeerJ, 2020.

[5] Andy Rakotondrabe, Archéologie : des chercheurs ont trouvé comment différencier les paléofèces (excréments) humains et canins, Neozone, avril 2020.

[6] Vijay-Kumar M, Aitken JD, Carvalho FA, et al. Metabolic syndrome and altered gut microbiota in mice lacking Toll-like receptor 5. Science 2010;328:228-31.

[7] Joslin Diabetes Center. « Ancient gut microbiomes may offer clues to modern diseases: Genomic analysis of human samples from dry caves shows stark differences with modern industrialized bacterial populations.. » ScienceDaily. ScienceDaily, 12 May 2021.

[8] Effets sanitaires du bisphénol A – Connaissances relatives aux usages du bisphénol A, Anses, septembre 2011: 68.

4 réponses à “Ce que ce « caca fossilisé » révèle de nos intestins”

  1. Nour eddine dit :

    Bonjour j’ai un Crohn quel type ou nom de probiotiques me conseiller vous Merci de votre gentillesse.

  2. Josyane ANSELME dit :

    Merci pour ce documentaire hyper intéressant. J’ai toujours eu de gros soucis intestinaux, même bébé. Constipation à répétition, maux de ventre, prise de laxatifs sur une longue période pour un résultat désastreux.
    Et de lire cette étude m’a vraiment ouvert les yeux sur la façon de me nourrir. Je ne supporte pas les épices, ails, oignons même les aromatiques, thym romarin. Assez délicat pour avoir un régime alimentaire positif.
    Encore merci pour cette étude. Cordialement

  3. E.BERNARD dit :

    Des « selles » fossilisées eut été moins grossier. Le mot que vous employez était interdit chez nous…
    Il existe toujours dans notre langue française un synonyme adéquat.

  4. wolf christiane dit :

    je prend des probiotiques mangeant tres peu de legumes n eyant plus de colon

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